Zaječar se prvi put spominje 1466. godine u turskom tefteru vezanom za stanovništvo Vidinskog pašaluka, a od XVI- XVIII veka ima malo podataka o naselju. 1806.god. stvoreni su povoljni uslovi za dizanje ustanka u ovim krajevima Karađorđe je odobrio hajduk Veljku Petroviću, knezu Milisavu i popu Radosavu da sa Timočanima i Crnorečanima dižu ustanak i posle niza uspešnih bojeva najveći deo Krajine i Zaječara je oslobođen. Kriza i propast Prvog srpskog ustanka imali su teške posledice i u ovim krajevima. 1833.god. ovaj kraj je konačno oslobođen i pripojen Srbiji. Naziv je najverovatnije turskoga porekla. Po nekim pretpostavkama potiče od izvesnog Said-Asir paše koji je svoju vojsku postavio u dolini Timoka u godinama kriznim po srpsku despotovinu.
Za Kraljevinu Jugoslaviju i zaječarski kraj Drugi svetski rat je počeo 6. aprila 1941. godine. Već 13. aprila te godine, oko četiri časa po podne, u Zaječar su ušla jedna nemačka borna kola i dva motocikla sa prikolicom, kao prethodnica Nemačke vojne jedinice, koja je se kretala iz Bugarske i u Zaječar ušla 14. aprila. Borbe za oslobođenje Zaječara otpočele su 6. septembra 1944. godine napadom 23. srpske divizije Narodno oslobodilačke Vojske Jugoslavije (NOVJ) na Zaječar. Jedinice ove divizije su već sutradan, 7. septembra u 16 časova, ušle u grad. Međutim, već 8. septembra 23. divizija je se morala povući iz grada, jer su jake nemačke snage, koje su se povlačile iz Grčke (delovi E grupe armija), nadirale dolinom Timoka ka Zaječaru. Teške i krvave borbe za oslobođenje vođene su do kraja septembra i prvih dana oktobra na širem prostoru Zaječara zajedničkim dejstvom jedinica NOVJ i Crvene armije. U noći 7/8. oktobra 1944. godine jedinice 45. divizije NOVJ i delovi 64. korpusa i 4. mehanizovanog korpusa Crvene armije okončali su ovu višenedeljnu borbu i ušli u Zaječar. Time je ovaj grad konačno postao slobodan, razvijajući se i gradeći u miru do danas.